曼哈生存基地分作地表层生活基地、浅地层避难和深地层研究基地，三个层次基地。

深地层研究基地位于地底15公里下方，空间很小，直径1公里，进化基因提炼机组就布置在此处，另外作为少部分重要人员的临时庇护所。

浅地层避难基地深度有500米，空间相对较大，储藏了大量水和食物，还有核电站提供电力，爆发战争，地面人员转移避难。

地表层生存基地则是基地内大部分人类的常住地，圆