整顿完集团的事情后，藤原开始着手处理组织事情。

经由贝尔摩德提醒，他为了不造成大的动荡，将组织的研究基地分批次销毁。

研究人员以及相关工作人员进行了一顿整顿，该处理的处理，该放走的放走，该留下的换了个身份入职海星科技继续做相关的研究。

期间小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都据说是八年前位于京都山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷